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La electroforesis en gel es una técnica que permite analizar el ADN a nivel de sus moléculas constituyentes. En este método de visualización de ADN, las muestras se colocan en un medio de gel de agarosa y se aplica un campo eléctrico al gel. Esto hace que los fragmentos de ADN migren a través del gel a diferentes velocidades de acuerdo con sus propiedades electroquímicas.
Bromuro de etidio
Para esta técnica de visualización, el bromuro de etidio se mezcla con polvo de agarosa, tampón EDTA y agua para formar la matriz de gel antes de la electroforesis. Como resultado, las moléculas de bromuro de etidio se dispersan uniformemente por toda la matriz. Una vez que los pozos de geles se han llenado con sus respectivas muestras de ADN y tintes de seguimiento, se aplica voltaje para dibujar lentamente los grandes compuestos polares a través de la matriz.
Durante este movimiento, las bases de las moléculas de ADN se unen temporalmente a las partículas gracias a la carga de bromuro de etidio, arrastrándolas. Para cuando se completa la electroforesis en gel, cada molécula de ADN ha captado una cantidad significativa de bromuro de etidio.
En presencia de luz ultravioleta, el bromuro de etidio exhibe fluorescencia. Los técnicos emiten una luz ultravioleta especialmente calibrada a través del gel mientras una máquina captura la imagen de los fragmentos brillantes.
Azul de metileno
Si no hay un transiluminador UV disponible o práctico, los técnicos pueden hacer que el ADN sea visible en condiciones normales sumergiendo el gel de agarosa terminado, con ADN electroforesificado en el interior, en una solución de azul de metileno durante la noche.
Una sal de cloruro con un anión significativamente hidrófobo, las moléculas de azul de metileno penetran en toda la matriz de gel. Sin embargo, el enlace de hidrógeno en todo el ADN hace que las moléculas de tinción se acumulen. Este aumento de la densidad de manchas de ADN produce un tono azul más profundo, visible a simple vista.
Tintes de seguimiento
Más allá del tamaño relativo de las bandas de ADN, los técnicos pueden medir el tamaño absoluto (en pares de bases) de cada fragmento utilizando productos químicos llamados tintes de seguimiento. Visible sin la adición de azul de metileno o bromuro de etidio, los colorantes de seguimiento como el azul de bromofenol y el xilen cianol se mueven a través de las matrices de gel de aragosa durante la electroforesis a la misma velocidad que los fragmentos de ADN que consisten en 300 nucleótidos y 4.000 nucleótidos, respectivamente. En la electroforesis, los fragmentos de ADN más masivos viajan a través de la matriz de gel a una velocidad más lenta que los fragmentos más pequeños. Por lo tanto, si bien los colorantes de rastreo no influyen directamente en la visibilidad de los fragmentos de ADN, comparar la posición de un fragmento de ADN en el gel con la posición de estos colorantes permite a los técnicos "ver" el número aproximado de nucleótidos que contiene el fragmento de ADN.