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Una vez que haya procesado muestras de ADN en un gel de agarosa y haya tomado una fotografía, puede guardarla para más adelante, en ese momento puede analizar los resultados e interpretarlos. El tipo de cosas que está buscando dependerá de la naturaleza de su experimento. Si está haciendo una digitación de ADN, por ejemplo, querrá comparar el tamaño de los fragmentos de ADN de dos muestras, quizás del sospechoso y de una muestra de la escena del crimen. Si está trabajando con plásmidos de bacterias, por el contrario, es posible que deba asegurarse de que el plásmido contenga el inserto. En consecuencia, la forma en que interprete su gel dependerá en parte del experimento que realizó. No obstante, hay algunas reglas generales que puede aplicar.
Comenzando desde la parte superior de la imagen, mida la distancia a cada banda en el carril "estándar" de su gel (también conocido como la escalera). El carril estándar contiene piezas de ADN cuyo tamaño ya se conoce, por lo que ya debe conocer el tamaño de cada una antes de comenzar su experimento. Mida también la distancia recorrida por las bandas en cada uno de los carriles de muestra.
Divida la distancia de cada estándar y cada banda en las muestras recorridas por la distancia al fondo del gel. El resultado se llama movilidad relativa. Puede usar el programa de hoja de cálculo para hacer la aritmética por usted si hace que este paso sea más rápido.
Ingrese la movilidad relativa y el tamaño de cada estándar en su programa de hoja de cálculo, luego use su herramienta de gráficos de programas de hoja de cálculo para crear un gráfico de estos datos con movilidad relativa en el eje xy tamaño en la y.
Ajuste una línea al gráfico usando regresión no lineal. Consulte la sección de Ayuda de sus programas de hoja de cálculo si necesita saber cómo hacerlo. Deberías terminar con una ecuación, quizás una similar a la siguiente:
y = (0.3) x ^ -2.5
Tenga en cuenta que x aquí será la movilidad relativa, mientras que y es el tamaño. También tenga en cuenta que su ecuación puede tener números completamente diferentes para el exponente y el coeficiente; esta ecuación solo se proporciona como un ejemplo hipotético.
Tome la movilidad relativa de las bandas de su muestra y conéctela como x para calcular el tamaño de las piezas de ADN en las bandas de muestra.
Suponga que la ecuación derivada de su programa de hoja de cálculo fue de hecho y = (0.3) x ^ -2.5, y la movilidad relativa de una banda de muestra particular fue 0.68. Sustituyendo 0.68 en su ecuación, encontrará lo siguiente:
y = (0.3) (0.68) ^ - 2.5
Usando su calculadora, sube 0.68 a -2.5 y encuentra lo siguiente:
y = (0.3) (2.62)
y = 0.786
cuál sería entonces el tamaño estimado en kilobases del ADN en una de las bandas de su muestra.
Plásmidos
Tenga en cuenta que puede o no necesitar usar las instrucciones de esta sección. La electroforesis en gel de agarosa a menudo se usa para confirmar que un plásmido contiene un inserto dado. Si no está trabajando con plásmidos, puede omitir esta sección. Sin embargo, si es así, puede seguir estas instrucciones.
Tenga en cuenta que si está trabajando con plásmidos sin cortar o mellados, no puede estimar el tamaño utilizando el procedimiento de la sección 1 anterior. Esto se debe a que los plásmidos sin cortar y mellados migran a diferentes velocidades del ADN lineal.
Compara el número de bandas en cada carril. Recuerde que una enzima de restricción corta el ADN en los sitios donde ocurre una secuencia dada llamada sitio de restricción. Si una muestra se trató con DOS enzimas de restricción, una banda para el inserto y una banda para el resto del plásmido deberían estar presentes. Eso es porque el inserto estará flanqueado por dos sitios de restricción, cada uno para una enzima diferente, por lo que los cortes en ambos sitios liberarán el inserto del plásmido. Un corte en un solo sitio, por el contrario, convertirá el plásmido en ADN lineal. Una muestra cortada sin enzimas de restricción o una enzima de restricción, entonces, debería presentar una sola banda, mientras que una muestra cortada con dos enzimas de restricción debería presentar dos bandas.
Esté atento a las bandas creadas por el ADN plasmídico mellado. Un plásmido mellado tiene un corte en una sola hebra, por lo que migra más lentamente que un plásmido cortado. Los plásmidos cortados a su vez migran más lentamente que el ADN sin cortar.
Calcule el tamaño del inserto utilizando el procedimiento descrito en la Sección 1 y determine si coincide con sus expectativas (que variará según el experimento).